مسجد جامع تاریخی محمدیه در محله محمدیه شهر نائین در میدان بالای این محل متعلق به قرون چهارم ویا پنجم هجری است .این مسجد به صورت دوایوانه بوده با صحن یا حیاط در مرکز و رواقها دراطراف ساخته شده است. در قسمت جبهه قبله رواق به صورت عمیق بوده و گنبدی کوچک آجری بر بالای محراب ساخته شده است . در دوسمت اضلاع شمال و جنوب حیاط ، رواقها به صورت دواشکوبه ساخته شده که احتمالا” از قسمتهای بالا جهت استفاده برای خانمها ساخته شده است .در سمت چپ و درست روبروی ورودی اصلی به صحن راه پله ای قرارداشته که پس از عبور از آن به پایاب قناتی که جهت وضوخانه ساخته شده می رسیم که هنوز پایاب مذکور و قنات آن فعال و مورد استفاده می باشد .
در سمت چپ راهرو اصلی به داخل مسجد ، شبستانی زمستانه که احتمالا” در دوره های بعدی الحاق گردیده ساخته شده و قسمت بالای آن نیز به عنوان مهتابی جهت استفاده در فصول مختلف سال استفاده می شده است .سردابی زیرزمینی نیز در زیر صحن یا حیاط مسجد وجود داشته که ورودی آن در راهرو اصلی مسجد قراردارد . این زیرزمین به صورت هشت ضلعی و با نماکاری بسیار زیبا ی آجری ساخته شده است و در وسط سنگ مرمر جهت تأمین نور سرداب تهیه شده است .تزئینات مسجد شامل مقرنس های ایوان روبروی جبهه محراب می باشد .