قلعه تاریخی محمدیه یکی از مهمترین آثار تاریخی و قلعه های تاریخی شهرستان در محله تاریخی محمدیه در شرق شهر نایین قرار دارد . این قلعه بر روی کوه قلعه محمدیه ساخته شده است.براساس نوع مصالح به کار رفته و طرز ساخت این بنای تاریخی ، احتمالاً متعلق به قبل از اسلام می باشد چرا که ساختار اولیه محله محمدیه به عنوان یکی از قدیمی ترین محلات این شهرستان بیشتر متعلق به قبل از اسلام بوده و از اولین بناهای ساخته شده در هر محل استحکامات دفاعی آن محل می باشد. در این محله ، قلعه دیگری نیز به نام قلعه ریگ و درست در مقابل آن بر روی بلندی وجود داشته که متأسفانه در حال حاضر هیچ اثری از ان نیست که در این بنا آثار قبل از اسلام به دست آمده است.
قلعه تاریخی محمدیه به صورت چند ضلعی نامنظم و برروی بلندی و کوه محمدیه و در نقطه ای سوق الجیشی برای تسلط بر تمامی محیط ها و فضا های اطراف ساخته شده است . دیوارهای اصلی قلعه تاریخی محمدیه برج ها و نیم برج هایی دارد و این نیز جهت تسلط و دید بهتر نسبت به دشمنان و بیگانگان بوده و به عنوان برج های دفاعی و دفع آسیب دشمنان و راهزنان ساخته شده است.
داخل قلعه تاریخی محمدیه فضاهای معماری و اتاق هایی با ابعاد متفاوت ، کوچک و بزرگ ، جهت استفاده ساکنین محل در هنگام هجوم دشمنان و راهزنان تعبیه و ساخته شده است . هر فضا در قدیم متعلق به یک خانواده بوده و هنگام هجوم دشمنان از این اتاق ها برای استراحت استفاده می شده است. ورودی اصلی این قلعه در دیوار شرقی قلعه تعبیه گردیده است . این ورودی بسیار کوچک و رفتن به داخل قلعه سخت بوده چنانکه در صورت هجوم دشمنان و راهزنان امکان دسترسی سریع به داخل قلعه توسط ایشان امکان پذیر نمی باشد .فضا ها و اتاق های داخل قلعه تقریباً بیش از ۵۰ درصد تخریب گردیده است و لیکن با بررسی بر روی پی ها و آثار به جای مانده بیش از ۵۰ اتاق دارد .
در میان اهالی معروف است که برای دسترسی و استفاده از آب ، کانالی ارتباطی از وسط قلعه به یکی از پایاب های قنات اصلی محل و بیرون از قلعه وجود داشته است و لیکن در حال حاضر هیچ اثری از ان وجود ندارد.
